2040年、廃墟と化した日本は、学園と呼ばれる無数の自治勢力に分れ、争っていた。 ニ都学園の学兵である高尾陽一は、生徒会長の雪島雪恵の右腕として敏腕を振るっていたが、 宗主校美布学園と前生徒会長らの共謀によりニ都学園を追われてしまった。

　川へと落ちて流れ着いた先で、高尾は富村の城島学園の生徒、月野弥生・詠姉妹に命を救われる。 そんな中、村に巨大な船が来訪する。京都に首都を置く日本国政府、その護衛艦であった。 上陸した代表らしき人物は、御所警察予備隊三等警察正大辻久美子と名乗る。 部下に少佐と呼ばれる彼女は、富村周辺の治安維持と地理調査をしに来たのだという。

　平穏が訪れたと思った最中、他学園が村を襲い、月野詠が攫われた。 高尾は恩人である詠を救うために少佐に協力を求める。 少佐は高尾が自分の部下になることを条件とした。 高尾は条件を飲み、パワードスーツを装着して詠を救出したのであった。

　40年9月、九州統一を成し遂げた塵武学園は巌威国を名乗り、政府直轄地の下関へと攻め込んだ。 覆灰人を自称する彼等の前に、自衛軍は戦わずして撤退を決意する。

　少佐率いる御所警察予備隊独立護衛第三大隊は、自衛軍の撤退援護のために山口県内を転戦。 高尾は少佐の負傷により大隊を指揮することになるも、 巌威国本土進攻第4軍将軍筑紫美咲の追跡を突破し、隊員の多くを失いながらも帰還を成功させた。

　京都に帰還した高尾は、少佐の病室で皇族に出会う。皇太子の娘である玲子と信仁・清仁兄弟だ。 信仁兄弟は予備隊の兵力増強のため、関東へ人材確保に向かうように高尾に命じた。

　高尾は派遣先の関東で藍川メルセデスと出会う。 ちょうどその頃、海路より関東へ侵入してきた巌威国が、横浜周辺の諸学園を次々と陥落させていく。 亡校軍を吸収した高尾一行は、巌威国の侵攻を食い止めた後、京都へと帰還した。

　しかし、清仁の目論見により護衛隊は解散する。 日本統一という清仁の目的に共感した高尾は、清仁の部下として政治活動を始める。 高尾は類稀な扇動の才能によって国民民主党を牛耳り、組織を拡大する。 巌威国侵攻の危機感に付け込んで第一党へ躍進した国民民主党だったが、 帝が高尾の総理大臣任命を拒否し、京都は一時、無政府状態となった。

　京都共産党員の鉄本芳文は、政治的空白に乗じて革命を起こそうと、同志と共に帝のいる御所へ突入した。 国民民主党は御所を防衛するために御所へ向かう。 混乱の中、帝は清仁の手によって殺害され、皇太子と信仁親王は京都を脱出した。 赤軍の撃退された後、もはや政治の実権は国民民主党にあったのである。

　42年2月、山口県をほぼ手中に収めた巌威国は、 支配下に置いた美布学園に屋代学園への攻撃を命じた。 同じく巌威国の属校となっていた雪恵率いる二都学園もこの戦争に参加していた。

　遠征軍の集結地であった柳井の港で、屋代学園の近衛隊長である本多弥太郎を発見した雪恵は、 これを追うも逆に捕らえられてしまう。 連れて行かれた屋代学園で、雪恵は屋代学園会長の妹の長束莢と出会う。 莢に言われるがままに屋代学園を抜け出した雪恵は、莢と共に柳井へ向かった。

　柳井は屋代の逆侵攻によって陥落したが、 美布の交渉によって援軍に来た漂海民が柳井沖を制圧、屋代の退路を塞ぐ。 これにより戦況は一転、屋代学園会長長束孝義が命を落とす。 兄の死を目撃した莢は激憤、恐ろしい力を発動する。

　皇国では高尾が皇国将軍を名乗り、その権力は頂点に達していた。 42年9月、統一戦争の開始が布告され、戦争が始まった。